Το Τμήμα Τεχνολογίας Βιολογικής Γεωργίας και Τροφίμων έχει ως αποστολή να προάγει την ανάπτυξη και τη μετάδοση γνώσεων στην παραγωγή και διαχείριση βιολογικά παραγόμενων προϊόντων και στην τεχνολογία τροφίμων βιολογικής παραγωγής με τη διδασκαλία, την εφαρμοσμένη έρευνα, και την παροχή στους σπουδαστές των εφοδίων εκείνων, που τους εξασφαλίζουν την άρτια κατάρτιση για την επιστημονική και την επαγγελματική τους σταδιοδρομία και εξέλιξη, καθιστώντας τους ανταγωνιστικούς στην αγορά εργασίας. Tο αποτέλεσμα αυτό μπορεί να επιτευχθεί όχι μόνο μέσω της θεωρητικής κατάρτισης και της πραγματοποίησης εργαστηριακών ασκήσεων, αλλά και με την ενεργό συμμετοχή των φοιτητών στην πραγματοποιούμενη έρευνα. Στους σκοπούς του τμήματος περιλαμβάνεται επίσης και η συνεργασία με συναφή τμήματα του εσωτερικού και του εξωτερικού, μέσα από προγράμματα ανταλλαγής φοιτητών και συνεργασίας σε ερευνητικά προγράμματα.